Mit der Pfeifenmensur bestimmt der Orgelbauer sowohl den allgemeinen Klangcharakter eines Registers als auch die Ausmaße für die einzelnen Pfeifen. Die Mensur gibt das Verhältnis zwischen der klingenden Länge der Pfeife zu ihrem Durchmesser wieder (bzw. bei Metallpfeifen: ihrer Plattenbreite vor dem Rollen und Verlöten der Pfeife, entsprechend dem Pfeifenumfang).
Zur Gesamtlänge einer Pfeife kommt sodann noch der Pfeifenfuß dazu, der Teil, mit dem die Pfeife auf der Windlade steht und durch den Orgelwind in die Pfeife einströmt. Der Pfeifenfuß, der unter oder am Labium mit der eigentlichen Pfeifenröhre fest verbunden ist, spielt für Klang und Tonhöhe keine Rolle, wohl aber für die Windzufuhr und die Statik der Pfeife; die Wandstärke des Pfeifenfußes ist daher (meist erheblich) größer als die der Pfeife selbst.
Der Klangcharakter eines Registers hängt entscheidend vom Stärkeverhältnis der einzelnen Naturtöne ab, die innerhalb der Pfeife entstehen. Wesentlich ist dabei vor allem die relative Stärke des eigentlichen Pfeifengrundtons gegenüber dessen Obertönen. Weitere Mensuren begünstigen einen kräftigen Grundton, enge Mensuren dagegen die Obertonbildung.
Ein annäherndes Gleichgewicht zwischen Begünstigung des Grundtons und Erzeugung von zusätzlichen Obertönen stellt sich dabei bei den Prinzipalen ein, die eine Mensur von etwa 15:1 (Länge zu Durchmesser) bis 16:1 besitzen. Weitere Mensuren bis etwa 10:1 sind obertonarm, der Klangcharakter ist dadurch kräftig, weittragend und ohne deutliche Anblasgeräusche, aber relativ dumpf und deutlich flötenartig. Engere (bis 20:1) oder sehr enge Mensuren bis 24:1 geben nur schwächere Grundtöne und sind daher insgesamt eher leise und entwickeln zudem mehr oder minder vernehmbare Nebengeräusche, dafür aber ein reiches Spektrum an Obertönen. Das Resultat erinnert an ein Streichinstrument mit dem typischen Geräusch des Bogenstrichs.
Weitere klangbestimmende Faktoren, die mit der Pfeifenmensur in Wechselwirkung stehen, ergeben sich aus der Höhe und Breite des Aufschnittes oder Labienfensters (Abb.). In diesem Bereich zwischen Kernspalte und Labialkante fließt der Windstrom frei; je länger diese Strecke ist, d.h. je höher (der Form eines Quadrats angenähert) der Aufschnitt, umso stärker der Grad der Verwirbelung des Luftstroms, bevor er auf die Labialkante treffen kann. Dies erlaubt einen höheren Winddruck und damit größere Lautstärke, begünstigt in erwünschter Weise die Ausbildung des Grundtons aber auch in eher unerwünschter Weise die von Nebengeräuschen. Ein breiter und enger Aufschnitt (schmal-rechteckiger) fördert dagegen den Obertonreichtum und senkt den Geräuschanteil, neigt aber (bei zu hohem Winddruck) auch zum Überblasen. Der Überblasneigung wie auch den übermäßigen Anblasgeräuschen entgegenzuwirken, haben die Orgelbauer spezielle „Anblashilfen" entwickelt. Schon im 17. Jahrhundert bekannt waren die Seitenbärte, Blechstreifen an den Seiten des Labiums, die beitragen, den Orgelwind auf die Labialkante zu konzentrieren; später kamen noch weitere vielfältige Anblashilfen dazu, wie „Kästen", .,Rollen" und der sogenannte „Frosch" (speziell für das Register .,Querflöte"), die allesamt auf ähnliche Weise funktionieren.
Die jeweils zum erzeugten Winddruck passenden und zum angestrebten Klangcharakter führenden Abmessungen der Pfeifenmensuren und der Aufschnitte zu berechnen und den einzelnen Pfeifen zu geben ist eine der großen Herausforderungen an die Fähigkeiten und die Klangvorstellung des Orgelbauers.
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