La cathédrale de Malaga devait déjà posséder un orgue à la fin du Moyen-Âge, et un nouvel instrument fut installé en 1598. En 1659, on le remplaça par un orgue disposant de 11 jeux, dont certains étaient divisés en basse et en aigu.
Après l’achèvement de l’intérieur de la cathédrale vers 1776, un projet d’orgue conçu en conséquence devait représenter l’ambition du chapitre. En 1778, après consultation d’Antonio Soler, le choix se porta sur Julián de la Orden, qui installa en 1781 et 1782 les deux instruments dont le buffet fut réalisé par José Martín de Aldehuela. Les deux instruments sont en grande partie identiques et conservés presque sans modification, l’orgue de l’épître a été restauré par l’Organeria Acitores en 2000 et 2001.