Bereits im Jahr 1755 hatte König Ferdinand VI. eine Orgel für den damals noch im Bau befindlichen neuen Palast in Auftrag gegeben. Zwar begann Leonardo Fernández Dávila daraufhin mit der Planung und trat in Verhandlungen mit dem Architekten J. B. Sacchetti wegen des Ortes für die Position des Instrumentes ein. Da sich die Bauarbeiten jedoch hinzogen, konnte Dávila erst 1771 mit der Aufstellung beginnen. In dieser Zeit war auch Antonio Soler als Berater am Orgelbau tätig. Krankheitsbedingt war Dávila jedoch nicht in der Lage, die Arbeiten zu Ende zu führen, weshalb er seinen Schüler Jorge Bosch empfahl. Dieser hatte allerdings noch andere Aufträge zu erfüllen und konnte die Arbeiten erst 1780 abschliessen; 1780 erfolgte die Rechnungsstellung. Im Jahr 1993 wurde das Instrument durch die Firma Gerhard Grenzing restauriert.
Eine Besonderheit des mit 42 Registern enorm großen Instruments stellen die beiden Schwellwerke dar. Sowohl das Oberwerk als auch das Positiv stehen komplett in Kästen, das Positiv zeigt keine Prospektpfeifen. Dafür wurden vom Spieltisch aus bewegliche Türen für dynamische Effekte angebracht. Um die Traktur so einfach wie möglich zu halten, ist das oben stehende Hauptwerk als Manual III angelegt, das dahinter befindliche Oberwerk wird vom Manual II gespielt, und das Positiv von der ersten Klaviatur aus.