Schon im späten Mittelalter muss es in der Kathedrale von Málaga eine Orgel gegeben haben, 1598 wurde ein neues Instrument eingebaut. 1659 ersetzte man dieses durch eine Orgel, die über 11 Register verfügte, die teilweise in Bass und Diskant geteilt waren.
Nachdem um 1776 die Kathedrale im Inneren fertiggestellt war, sollte ein entsprechend gestaltetes Orgelprojekt den Anspruch des Kapitels repräsentieren. 1778 entschied man sich nach Rücksprache mit Antonio Soler für Julián de la Orden, der in den Jahren 1781 und 1782 die beiden Instrumente aufstellte, deren Gehäuse von José Martín de Aldehuela schuf. Die beiden Instrumente sind weitgehend identisch und fast unverändert erhalten, die Epistelorgel wurde durch die Organeria Acitores in den Jahren 2000 und 2001 restauriert.